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S.H.I.E.L.D. foi criada nos anos 60 como resposta a descoberta das operações da terrível organização subversiva internacional conhecida como Hidra. Para seu diretor de operações foi convocado o ex-soldado americano e ex-agente da CIA, coronel Nicholas (Nick) Fury.
Embora seja uma organização internacional, sem vínculos legais com qualquer nação, a maior parte dos agentes e do financiamento da organização partem dos EUA - o que a coloca sob grande influência desse país. É, por isso, motivo de críticas e discussões já por muitos anos o papel de "agente do imperialismo americano" da S.H.I.E.L.D.
Na teoria, seu corpo de diretores é multinacional e somente a ONU pode autorizar ações da agência. Na prática, ela já foi usada como arma pelas potências ocidentais na Guerra Fria e contra governos "rebeldes" do terceiro mundo várias vezes, principalmente pelo Presidente dos E.U.A..
A principal base da S.H.I.E.L.D. está localizada em um gigantesco aero-porta-aviões e a agência possuiu escritórios regionais e bases secretas em todas as grandes cidades do ocidente. Embora a maior parte das ações da organização seja secreta sua existência é de conhecimento público, sendo considerado o órgão máximo de manutenção da lei (bem exemplificado na saga Operação: Tolerância Zero, quando eles inutilizam a força-tarefa multinacional elaborada para acabar com a "Ameaça Mutante)".
Nick Fury manteve o cargo de diretor da S.H.I.E.L.D. por décadas, tornando-se uma lenda viva nos meios de manutenção da lei e espionagem internacionais. Diversas vezes seus métodos "diretos" o colocaram em confronto contra os burocratas, políticos e outros que controlam e fiscalizam a organização. Em anos recentes, ele teve de promover um grande "expurgo" na agência para dissolver grupos corruptos e ineficientes instalados na diretoria. Outros dois personagens de importância dentro da Organização são o Coronel Dum Dum Dugan (braço-direito de Fury e segundo em comando) e G.W. Bridge, responsável por assuntos mutantes da organização.
Ainda mais recentemente, porém, Fury teve de se afastar da direção da S.H.I.E.L.D. devido ao escândalo da descoberta de seu envolvimento em uma operação não-autorizada contra o governo democraticamente eleito da Latvéria, na qual usou operativos civis como agentes agressores, entre eles os super-heróis Capitão América, Homem-Aranha, Luke Cage e Viúva Negra. Fury desapareceu e hoje é um renegado, procurado para prestar contas por essa operação desastrosa que se tornou conhecida como "Guerra Secreta".